O Conselho Diretivo é um órgão colegial responsável pela definição da atuação do FNE, em conformidade com a lei e com as orientações governamentais, competindo-lhe exercer as competências previstas na lei e aquelas que lhe forem delegadas ou subdelegadas.
O Conselho Diretivo é composto por um Presidente, denominado Gestor Executivo e dois Vogais não executivos, sendo um nomeado pelo membro do governo responsável pela área da Administração Interna e outro pelo membro do Governo responsável pela área das finanças.