O FNE é um fundo autónomo, dotado de autonomia administrativa e financeira, que funciona na dependência do departamento governamental responsável pela área das Finanças. O Fundo Nacional de Emergência tem por finalidade financiar ações, atividades e meios que contribuam para aumentar o grau de prontidão operacional das autoridades nacionais na eminência de desastres naturais e ações de respostas, incluindo socorro, assistência à população e reposição da normalidade das condições de vida nas áreas atingidas/ afetadas por esses eventos.